Amur 1650 mang cả tên lửa và ngư lôi dùng trong 6 ống phóng cỡ 533mm với cơ số 18 quả tất cả. Các ống phóng sẵn sàng phóng chỉ trong vài giây, và thời gian tái nạp đạn cũng chỉ mất vài phút. Hệ thống an-ten thụ động cực kỳ thính nhạy, có khả năng phát hiện tàu địch gấp vài lần so với hệ thống an-ten thủy âm đang được lắp đặt trên các tàu ngầm diesel-điện nào khác.

Cùng với độ ồn siêu thấp, tàu có thể tiếp cận biên đội tàu địch và tấn công một cách lặng lẽ. Hệ thống kiểm soát hỏa lực được lắp đặt toàn bộ trong khoang điều khiển chính. Hệ thống này trao đổi, xử lý, phân tích và hiển thị dữ liệu tích hợp trên các màn hình của các sĩ quan điều khiển. Hệ thống đạo hàng trên tàu giúp tàu vận hành an toàn và cung cấp thông số chính xác cho việc sử dụng tên lửa. Kính tiềm vọng chính được trang bị các camera hồng ngoại và kênh quang hay TV cùng an-ten thu tín hiệu GPS. Hệ thống liên lạc có thể truyền lệnh và thông tin khi tàu hoạt động ở độ sâu tới 100m. Hệ thống thông khí và điều hòa được thiết kế nhằm cung cấp cho thủy thủ đoàn môi trường sinh hoạt và chiến đấu thoải mái. Chiếc tàu Amur-1650 đầu tiên mang tên Saint-Petersburg đã bắt đầu được đóng tháng 12 năm 1997 tại nhà máy đóng tàu Admiralty Shipyards, đến tháng 10 năm 2006 nó đã được Hải quân Nga chấp nhận để tiến hành chạy thử và dự kiến sẽ được chính thức trang bị cho hải quân Nga vào năm 2010. Chiếc tàu thứ hai mang tên Kronshtadt cũng đã được đặt đóng từ tháng 7 năm 2005, dự kiến cũng sẽ được bàn giao cho hải quân Nga vào năm 2010.